Ambas instalaciones ejercen sobre el lecho marino una mínima influencia, que se manifiesta en pequeños cambios en la comunidad bentónica en el entorno inmediato de las instalaciones, no presentando en el caso de Conil cambios significativos en las concentraciones de nutrientes en el sedimento ni en la granulometría atribuibles a la presencia de las jaulas. En Conil además son observables cambios en las fracciones granulométricas correspondientes a arenas y gravas, mientras las fracciones finas apenas varían, evidenciando que es el régimen hidrodinámico de alta energía el factor que ejerce más control sobre la distribución del tamaño de grano, dominando los procesos de transporte frente a los de sedimentación.. No se observan cambios en la biodiversidad del bentos provocados por este fenómeno. Las variables ambientales que mejor explican los cambios en la comunidad bentónica son el contenido en materia orgánica y la granulometría.

Las variaciones del potencial RedOx en el sedimento aparecen ligadas tanto a la cercanía a las jaulas como la granulometría del sedimento, siendo muy poco perceptibles estas variaciones en fondos con granulometrías gruesas, ya que estas favorecen la circulación de agua intersticial. La monitorización de este parámetro resultaría muy interesante si se pudiera establecer el perfil de Eh en la capa superficial del sedimento.

El efecto de los fondeos durante la fase inicial de la instalación en Conil es observable mediante inspecciones visuales, y consisten en surcos originados por el garreo de las anclas y muertos hasta quedar orientados en su posición definitiva. No suelen superar los 5 ó 6 metros de longitud y su afección sobre la biota es poco notable y de rápida recuperación.

Los cambios en la calidad del agua apenas son perceptibles, siendo el descenso en la concentración de oxígeno disuelto el parámetro que mejor refleja la actividad de la biomasa cultivada. En el caso de Conil no es detectable, debido a la alta tasa de renovación de agua y a la escasa carga de cultivo.